党委（院长）办公室

纪委办（监察专员办公室）

组织部（党校、人才办）

宣传部

统战部

党委巡察办公室

发展规划处（学科办、校友办）

人事处（教师工作部）

学生处（学生工作部）

研究生院（研究生工作部）

国际合作与交流处（国际教学部）

财务处

国资处

后勤管理处

保卫处（保卫部、武装部）

医院管理处（医院工作部）

教学质量监控与评估处

教师发展中心

离退休处

关工委

工会

团委

基础医学院

公共基础学院

马克思主义学院

临床医学院

检验医学院

护理学院

医学影像学院

药学院

公共卫生学院

生命科学学院

精神卫生学院

卫生管理学院

口腔医学院

全科医学系

体育艺术部

继续教育学院（老年大学）

图书馆

网络信息中心

校医院

安徽省全科医学发展研究中心

第一附属医院(第一临床学院)

第二附属医院(第二临床学院)

直属淮北人民医院